Александр Агафонов работает в "Векторе" с 1983 года, имеет степень доктора биологических наук. Принимал непосредственное участие в разработке четырех вакцинных и более чем 20 диагностических препаратов.
Заслуги Александра Агафонова в развитии российско-гвинейского научно-технического сотрудничества в области изучения эпидемиологии, профилактики, мониторинга бактериальных и вирусных инфекций в Гвинейской Республике отмечены высокой государственной наградой – медалью ордена «За заслуги перед Отечеством» II степени.
За особые заслуги при разработке и внедрении инновационных методов диагностики инфекционного заболевания COVID-19 Агафонов А.П. награжден орденом Пирогова.